Terhitung Tahun 2021, IAIN Ambon memiliki tenaga pendidik atau tenaga profesional berjumlah 185 Dosen PNS dan 26 Dosen Tetap Bukan PNS (DTBPNS), terbagi dalam tiga Fakultas, Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam, Fakultas Ushuluddin dan Dakwah, Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan.
Berikut Daftar Tenaga Dosen IAIN Ambon: